En la actualidad el complejo contexto global impone que los estados y gobiernos inviertan mucho más en la ciencia, la tecnología y los procesos de innovación, que deben estar enfocados a satisfacer las necesidades de los seres humanos y de su entorno vital; de ahí la importancia del diseño y la implementación de políticas virtuosas de ciencia, tecnología e innovación (CTI). Donde el enfoque de los sistemas de innovación sectorial constituye un marco metodológico y conceptual que facilita el análisis de dichas políticas en cada sector, relevante para el caso del sector agroforestal cubano por sus implicaciones tanto en la satisfacción de las demandas de productos y servicios como por el aporte social y ambiental que realizan los bosques. La presente investigación tiene como objetivo analizar las políticas de CTI en el sector agroforestal cubano. Se utilizaron métodos teóricos y empíricos, tales como análisis y síntesis, inductivo-deductivo y análisis de contenido poyado en el software Atlas Ti. 7.01. Lo que permitió identificar un conjunto de regularidades del proceso de innovación en el sector. Se pudo concluir que el planteamiento normativo no favorece las relaciones de colaboración y cooperación con otros actores, el sector transita por un modelo basado en I+D a un modelo centrado en las demandas de la sociedad cubana y las principales interrelaciones que se producen están enfocadas al financiamiento, y los incentivos para innovar no son tenidos en cuenta. Lo anterior puede servir de referente para la concepción y diseño de una política de CTI para el sector.