La cuantificación del flujo sanquíneo cerebral regional (FSCr) por SPECT presenta distintas limitaciones relacionadas con la pobre resolución espacial, la selección de las regiones de interés (ROI) y la selección de la región de referencia utilizada para la cuantificación relativa. El objetivo del presente trabajo es proponer una metodología para la cuantificación relativa del FSCr a partir del co-registro de la SPECT con la imagen anatómica de resonancia magnética (IRM) y utilizando atlas anatómicos para la definición de las ROIs. La metodología incluye tres pasos principales: pre-procesamiento espacial, corrección del volumen parcial, y cálculo del índice de perfusión (IP) e índice de asimetría (IA). La metodología se implementó en un total de 27 pacientes con distintos trastornos: 17 pacientes con epilepsia, y 10 pacientes con enfermedad de Parkinson (EP). Para cada uno de estos trastornos se utilizaron distintos atlas anatómicos. En los pacientes con epilepsia, los resultados mostraron un incremento en IP e IA en el estudio ictal en comparación con el interictal en las regiones correspondientes a la zona epileptógena (ZE). En los pacientes con EP se identificaron regiones con diferencias significativas tanto en IP como IA entre pacientes en distintos estadios. La cuantificación del FSCr utilizando atlas permitió mejor definición anatómica de las regiones correspondientes a la ZE. La cuantificación del FSCr en pacientes con EP permitió correlacionar  cambios funcionales con la progresión de la enfermedad. La metodología para la cuantificación del FSCr a partir del SPECT, IRM y atlas anatómicos se ofrece como herramienta para la identificación de la ZE en la evaluación pre-quirúrgica de pacientes con epilepsia y para la evaluación de la gravedad del cuadro neurodegenerativo en la EP.