La base de la prospección de hidrocarburos mediante los llamados fósiles geoquímicos ó biomarcadores del petróleo está en que los mismo mantienen una relación inequívoca con estructuras moleculares de organismos vivos. Las que al incorporarse al sedimento, aunque sufren pequeñas modificaciones, preservan sus esqueletos básicos de carbono, de esta forma las estructuras moleculares de estos compuestos, correlacionan con la de los compuestos precursores sintetizados por los organismos vivos esto ha permitido proveer información válida en áreas como la geología puesto que ahora es posible realizar correlaciones sobre paleoecología, cronoestratigrafía, grado de alteración de los hidrocarburos , correlacionar petróleos entre ellos y además con su roca generadora, entre otros La metodología aplicada para el estudio de los biomarcadores es la cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas en modo SIM ( monitoreo selectivo de iones), Como resultado se obtiene un cromatograma de masas de iones totales apenas de los iones escogidos, donde pueden ser localizados los compuestos biomarcadores y pueden ser graficadas diferentes relaciones entre compuestos que nos brindan la información geoquímica requerida. La decisión final no depende de un sólo parámetro sino de un estudio integrado de todos los parámetros. Dentro de los compuestos más usados tenemos las parafinas, los isoprenoides acíclicos, los terpenóides, los esteróides y los compuestos aromáticos policíclicos. El uso de estos compuestos a permitido que la geoquímica pasara de herramienta auxiliar a herramienta de decisión en el proceso exploratorio, dado que ahora se cuenta con elementos que contribuyen notablemente a la disminución del riesgo petrolero