Introducción: La garrapata Rhipicephalus sanguineus ha sido reportada como vector de enfermedades rickettsiales tales como Anaplasma phagocytophilum y Ehrlichia canis. Objetivo: Estimar la prevalencia de las enfermedades rickettsiales (Anaplasma phagocytophilum y Ehrlichia canis) mediante PCR en garrapatas y perros capturados por el Centro Antirrábico de Ciudad Juárez, Chihuahua, así como evaluar los factores de riesgo asociadas a estas y también comparar los valores de prevalencias en las diferentes épocas del año. Materiales y Métodos: Fueron recolectadas 201 muestras de caninos condición calle de Ciudad Juárez en diferentes épocas del año, las muestras fueron analizadas mediante PCR utilizando iniciadores específicos para cada enfermedad. Resultados: El 31.34% (63/201) presentaban infestación por garrapatas, todas pertenecientes al género R. sanguineus. De las garrapatas analizadas un 88.88% (56/63) fueron positivas a A. phagocytophilum y el 76.19% (48/63) a E. canis. De los 201 perros muestreados, 68.65% (138/201) resultaron positivos a A. phagocytophilum, 80.09% (161/201) a Ehrlichia canis y 71.64% se encontraba coinfectado con las dos bacterias rickettsiales. También se encontraron factores de riesgo asociados a las diferentes enfermedades, como el sexo, la edad, el nivel de infestación por garrapatas. La distribución de las prevalencias de las enfermedades en las distintas épocas del año fue estadísticamente diferente, siendo primavera-verano las de mayor frecuencia. Conclusiones: La detección de patógenos rickettsiales en perros y vectores procedentes de Cd. Juárez Chihuahua, es un indicador de riesgo para la salud pública, por ser enfermedades de importancia zoonótica.