En el estudio se analizan las capacidades para la detección de vulnerabilidades en aplicaciones web que proponen las principales metodologías de pruebas de penetración. El objetivo fue determinar hasta qué punto son válidos los procedimientos, herramientas y pruebas de seguridad propuestas en las metodologías ISSAF, OSSTMM, OWASP, PTES y NIST SP 800-115 para abordar los retos actuales de ciberseguridad en el campo del desarrollo y mantenimiento de las aplicaciones web. Se tomaron como base de comparación los informes de vulnerabilidades de OWASP, emitidos entre los años 2003 y 2017 y el análisis de la documentación de cada metodología de pruebas de penetración. Se elaboró una escala de evaluación cualitativa y su aplicación arrojó como resultado que la Guía de Pruebas de OWASP resultó la más completa, seguida de la metodología de ISSAF. No obstante, ninguna metodología demostró ser capaz de brindar métodos, herramientas o pruebas de seguridad para detectar todas las vulnerabilidades actuales. Los resultados alcanzados demuestran la necesidad de un proceso de adaptación y completamiento de las metodologías existentes.