El Sistema de Ciencia, Tecnología e Innovación del Instituto Nacional de Deporte, Educación Física y Recreación se ha actualizado, derivado del Sistema de Gestión de Gobierno basado en la Ciencia, la Tecnología y la Innovación. No obstante, se develaron limitaciones asociadas a los indicadores de medición empleados para su evaluación, adecuando su implementación al contexto territorial y local. En esta investigación se propuso una metodología para la evaluación del Sistema de Ciencia, Tecnología e Innovación del Instituto. Esta se apoyó en una guía para la evaluación, estructurada en dimensiones e indicadores, con un índice de eficacia como medida cuantitativa integradora. La metodología propuesta se compone de un aparato cognitivo, que incluye la descripción de las categorías conceptuales y los aspectos legales que sustentan la evaluación, a partir de lo cual es que se estructuro el aparato instrumental, con un enfoque de gestión. Durante la aplicación de esta metodología a la provincia de Villa Clara se evidenciaron transformaciones favorables; lo que, unido a criterios de expertos y usuarios que reconocen la calidad formal, la utilidad social y práctica, donde se reafirmó la funcionabilidad, la viabilidad, factibilidad y la pertinencia de la metodología y de la guía que se propuso como solución al problema científico abordado en esta investigación.