La papaya se cultiva ampliamente en regiones tropicales y subtropicales. Sin embargo, este cultivo está afectado por el Virus de la mancha anular de la papaya (PRSV), que es el virus de mayor importancia económica que afecta a la papaya en todo el mundo. Este estudio tuvo como objetivo determinar la filodinámica del PRSV en la papaya en Cuba. Para este propósito, se revisaron los cultivos de papaya de huertos y jardines cultivados en 47 municipios cubanos de 2008 a 2013, revelando la amplia distribución de PRSV en Cuba. Los análisis filodinámicos realizados con el gen parcial de la proteína de la cápside de todos los aislados de PRSV-P cubanos (34 secuencias) y 107 secuencias de aislados del continente americano y las islas del Caribe mostraron un ancestro común más reciente en 1942 (HPD95% = 1911-1967). La tasa de sustitución se estimó en 7.7 × 10-4 sustituciones por sitio por año (HPD95% = 4.6 × 10-4 - 1.1 × 10-3), que es equivalente a las detectadas en otros virus de ARN. La reconstrucción demográfica de PRSV mostró que la diversidad viral aumentó en el período 1985-1990, lo que coincide con la implementación de prácticas de producción extensiva. Por otra parte, en Cuba se observó una introducción viral de México y otras localizaciones ancestrales desconocidas. El análisis de difusión espacio-temporal propuso a México como un área ancestral para el origen de la diversificación en el continente americano y sugiere nuevos eventos de dispersión entre los aislados estadounidenses y caribeños. La distribución generalizada observada, la clara agrupación geográfica de los aislados cubanos, el crecimiento del virus y la diversidad genética proporcionan una fuerte evidencia de los patrones de dispersión de PRSV.