Problemática: la actividad de auditoría ha evolucionado conjuntamente con el desarrollo de las tecnologías de información y comunicación, facilitando a los auditores trabajar de manera remota o presencial, disminuyendo los costos y aumentando la efectividad y cobertura en la ejecución de este proceso. Entre las herramientas que se emplean para este propósito se destaca la minería de proceso, que permite descubrir la realidad de la ejecución de los procesos y, consecuentemente, tomar decisiones para mejorarlos. Sin embargo, no siempre se dispone de un instrumento orientador para el desarrollo de este tipo de auditoría. Objetivo: el presente estudio se centra en una propuesta metodológica para realizar auditorías a sistemas de información utilizando técnicas de minería de procesos. Metodología: Se aplican varios métodos científicos teórico y empíricos, el histórico-lógico y análisis-síntesis, análisis documental y la modelación. Resultados y discusión: Se logra un análisis general del estado del arte relacionado con el desarrollo de auditorías de calidad a sistemas de información y el uso de técnicas de minería de procesos en este contexto. Se propone una metodología para tales fines y se logra evaluar un sistema de información a través de la aplicación de la metodología que se propone. Conclusiones: La aplicación de la propuesta metodológica permitió detectar insuficiencias, en su mayoría, asociadas al control interno. Condujo, además, a la obtención de información valiosa e ideas concretas de mejora para el evaluado. Los resultados contribuyen a la toma de decisiones para la mejora de los procesos en las organizaciones auditadas.