La biofiltración de gases sobre lecho fijo orgánico funciona como filtro natural con alta porosidad y propiedades de sorción. Por una parte, retiene los contaminantes por procesos físico químicos y por otra sirve de soporte para el crecimiento de microorganismos degradadores. La aplicación de mezclas complejas como lodos activos para inoculación de biofiltros, resulta más conveniente que el empleo de especies aisladas. Con ello se garantiza un medio de cultivo favorable para el desarrollo de microorganismos, que cierran los ciclos biogeoquímicos de elementos como azufre, carbono, nitrógeno y fósforo. Sin embargo, pueden surgir problemas en cuanto a las regulaciones para el vertimiento del efluente a fin de preservar la calidad de las aguas terrestres receptoras. Por tal motivo, el objetivo del trabajo es evaluar la calidad del efluente residual de un sistema de tratamiento biológico de gas natural. Para ello se determinaron parámetros químicos y microbiológicos, según normas APHA e ISO. Se demostró que existe un crecimiento de bacterias y hongos degradadores de H2S(g) del gas natural de 6,0·108 UFC.mL-1; y se corroboró que existe un aumento gradual de la concentración de sulfato de 20,4 a 867,51 mg.L-1, como producto de esa degradación. Se observó una fuerte correlación entre el desarrollo bacteriano y la disminución del contenido de nitrógeno en el sistema; y fue posible remover en el efluente otros indicadores de contaminación tales como coliformes fecales, DQO, DBO y solidos sedimentables, con el fin de mejorar la calidad del vertimiento.