La búsqueda de compuestos naturales bioactivos ha sido uno de los campos de investigación más importantes para el bienestar de la humanidad. La alelopatía y la farmacognosia son dos materias académicas con orígenes históricos similares y con los mismos objetivos generales. Dichas materias han conducido la búsqueda de productos químicos a partir de la biodiversidad, con el objetivo final de encontrar metabolitos especializados con efectos biológicos y sus aplicaciones potenciales. Por otro lado, los estudios farmacognósticos y alelopáticos se han llevado a cabo de manera independiente y se han centrado fundamentalmente en metodologías racionales. Sin embargo, la mayoría de los éxitos en el ámbito de los productos naturales bioactivos provienen de situaciones aleatorias. Por lo tanto, hasta el presente no se ha abordado la complejidad que implica el éxito en la prospección de productos naturales bioactivos a través de estos estudios científicos. En este marco epistemológico, los vínculos teóricos entre Alelopatía y Farmacognosia han sido un punto ciego. Aquí, proponemos un nuevo enfoque epistemológico en la búsqueda de productos naturales. Esta propuesta se basa en el pensamiento complejo, que fue esbozado por Edgar Morin en su obra filosófica y en una revisión bibliográfica de la literatura científica. Como resultado de este enfoque, hemos integrado la Alelopatía y Farmacognosia bajo un enfoque transdisciplinario y autocrítico que se apoya en definiciones biodegradables.