Los hongos presentes en el ambiente pueden tener un efecto negativo sobre la viabilidad de las semillas, reduciendo la tasa de germinación y llegando hasta la perdida completa de vitalidad. El propósito de la presente investigación fue evaluar la actividad antifúngica in vitro de aceites esenciales (AEs) de plantas disponibles en la Amazonía (Cymbopogon citratus, Psidium guajava, Thymus vulgaris), contra el crecimiento de hongos presentes en la superficie externa de semilla de balsa (Ochroma pyramidale). Semillas viables de O. pyramidale fueron sumergidas en aceites esenciales a diferentes concentraciones (1%, 0,2%, 0,05%). Todos los AEs a la concentración del 1% dieron inhibición total del crecimiento. El AE de C. citratus mostró el mayor efecto inhibitorio, mientras T. vulgaris, mostró diferencias significativas entre la concentración 0,2% y 0,05%, indicando que la inhibición fue dosis dependiente. El AE de P. guajava (concentración 0,2% y 0,05%) no mostró actividad antifúngica. Los resultados obtenidos ofrecen datos relevantes, que sugieren un uso promisorio de los AEs estudiados, en el control biológico de patógenos fúngicos presentes en semillas forestales.