La identificación de procesos de investigación, desarrollo e innovación, en lo adelante I+D+i, así como la propiedad industrial, constituyen un déficit actual del sistema empresarial cubano que limita la eficaz implementación y alineación a las demandas del nuevo modelo de desarrollo socio económico establecido en los lineamientos de la política económica y social del partido así como la nueva legislación vigente en el país relacionada con la propiedad intelectual. Esta carencia constituye la situación problemática que sustenta la presente investigación, por lo que en consecuencia con el problema formulado el objetivo del trabajo consiste en diseñar una metodología para el diseño de procesos de I+D+i, lo que facilita la identificación de los mismos y su gestión. Para el desarrollo de la investigación se utilizaron métodos que partieron del análisis teórico de las concepciones generales acerca de la temática en cuestión así como las herramientas actuales de identificación de procesos en correspondencia con el plan estratégico en las organizaciones. Como resultado de la investigación se logra una metodología para la identificación de los procesos de las organizaciones atemperados a las necesidades de la legislación y las normativas vigentes en el país, facilitando además el tránsito ordenado de la dirección funcional a la gestión por procesos.