En el presente trabajo se realiza una evaluación de la contaminación por elementos metálicos trazas en el Refugio de Fauna “Lanzanillo-Pajonal-Fragoso”, donde se ha detectado la presencia de fibropapilomas en la tortuga verde (Chelonia mydas). Esta es una especie en peligro de extinción por lo que la protección de los ecosistemas donde ellas habitan resulta de vital importancia. Para ello, se cuantificaron los niveles de Zn, Cu, Cd, Fe, Pb, Ni, Mn y Co en sedimentos y pastos marinos (Thalassia testudinum y Syringodium filiforme), su principal fuente de alimentación. Se seleccionaron 8 sitios de muestreo teniendo en cuenta la circulación del agua, la desembocadura del río Sagua la Chica y la actividad antrópica. La cuantificación de los elementos se realizó empleando la Espectrofotometría de Absorción Atómica y la Fluorescencia de Rayos X. Se determinaron parámetros de validación para ambas matrices y la digestión de los sedimentos y los pastos marinos se realizó empleando las normas ISO 11466 y EN 14082, respectivamente. En la estación Cubereta se obtuvieron valores críticos de Co, Cu, Fe, Mn y Ni en sedimentos y en los pastos marinos coinciden el Fe, Mn y Ni, los que, unidos al Zn, presentaron niveles superiores al resto de los metales. En todas las estaciones se evidenció que la sección raíz- rizoma presentó niveles más bajos de metales que la sección tallo-hoja, lo que indica un proceso de bioacumulación y se observó que la especie S. filiforme presentó niveles más elevados de metales trazas que la especie T. testudinum.