El río San Juan es uno de los de mayor contaminación en la provincia de Santiago de Cuba. Este problema ha sido causado por el crecimiento acelerado de la ciudad, las características topográficas de la misma, la falta de un sistema de alcantarillado adecuado, el vertimiento de residuales líquidos, entre otras. Esta situación ha provocado la disminución de la calidad del agua, poniendo en peligro las aguas subterráneas de las cuales se abastecen una gran parte de los habitantes de la ciudad. En este trabajo se evalúa el nivel de contaminación actual que poseen las aguas del río San Juan. Fueron establecidas seis estaciones de muestreo siguiendo la metodología constituida en las Normas ISO 5667-1, ISO 5667-3, ISO 5667-9 e ISO 5667-10, en un período de poca lluvia. Se evaluaron 16 parámetros ambientales, los resultados obtenidos fueron comparados con las Normas Cubanas NC 22/1999, NC 1021/2014 y NC 827/2017 y con la media histórica registrada. El procesamiento de los datos, para el estudio estadístico, se ejecutó mediante el empleo del programa Statistica versión 8.0. Se demostró que las aguas del río San Juan no están aptas para el consumo humano, abasto a la población y agua para baño. Las mismas se clasifican como carbonatadas, presentando alto contenido de materia orgánica, afectadas por gérmenes patógenos (coliformes totales y fecales) y por el fenómeno de eutrofización. La comparación con la media histórica (1991-2007) evidenció que la contaminación del río no se ha incrementado, sino que ha disminuido el nivel en varias estaciones.