Una herramienta necesaria para el desarrollo de la industria biotecnológica es la bioinformática. Existe interés nacional el desarrollo de esta ciencia para contribuir a incrementar el valor agregado de los productos biotecnológicos y farmacéuticos que surjan de ella. Para cumplimentar este propósito mediante la formación de profesionales calificados se abre la carrera de Ingeniería en Bioinformática con su primera versión en la Universidad de las Ciencias Informáticas, con un Diseño Curricular Mixto, es decir, Disciplinar y Modular, la cual ya va concluyendo su segundo curso académico. Al respecto, se debió confeccionar un programa de diferentes contenidos de química que se ajustara a los requerimientos de la misión del futuro Ingeniero en Bioinformática, teniendo en cuenta las habilidades y competencias requeridas por los potenciales empleadores. El análisis de programas afines evidenció que no era aconsejable extrapolar esos contenidos a la nueva carrera y se propuso un nuevo enfoque. Los contenidos de química se dirigieron esencialmente a enfocar las materias a los aspectos estructurales y las relaciones entre la estructura y la propiedad de los compuestos y la relación estructura-función, insertando enfoques informáticos. Se incorporaron contenidos de Química Grafo Teórica como herramienta dirigida a la descripción de moléculas que facilite el tratamiento masivo de información además de mantener durante el desarrollo de la asignatura la concepción interdisciplinar con las demás asignaturas y disciplinas del año y de los años siguientes. Los contenidos de química más vinculados con la bioinformática están inmersos en los módulos. Palabras clave: contenido de química, ingeniería en bioinformática, enfoque estructural, química grafo-teórica, descriptores moleculares.