Problemática: En la formación de un ingeniero en Agronomía los contenidos que aporta la Química son significativos pues esta ciencia ofrece conocimientos esenciales para desarrollar una agricultura moderna sostenible, para satisfacer la creciente demanda de alimentos por la humanidad y los animales. Objetivo: Proponer un algoritmo interdisciplinario-profesional para la enseñanza aprendizaje de la Química Orgánica en el primer año de la carrera de Agronomía. Metodología: Se realizó un estudio descriptivo transversal en el período comprendido entre febrero y marzo de 2018 en la facultad de Ciencias Agropecuarias perteneciente a la universidad de Camagüey. De los métodos empíricos, fueron empleados el análisis de documentos, la encuesta a profesores y el trabajo docente metodológico en el colectivo de asignatura. Resultados y discusión: La concepción del sistema didáctico de los programas de Química Orgánica y Sanidad Vegetal no se concibe con un adecuado enfoque interdisciplinario; los profesores señalan como diseños de propuestas interdisciplinarias las tareas integradoras, interdisciplinarias y tareas profesionales y valoran de adecuado los pasos del algoritmo, así como la aplicación del mismo para la elaboración del trabajo extraclase, pues se logran vincular los contenidos de la asignatura con la temática de los plaguicidas, sustancias de importancia en la agricultura. Conclusiones: Se concluye que el trabajo extraclase elaborado a partir del algoritmo se considera de adecuado por los docentes y mediante el trabajo extraclase los estudiantes vinculan los contenidos de la Química Orgánica con temas de Sanidad Vegetal lo que contribuye a profesionalizar esta asignatura básica en la carrera de Agronomía.