La compresión con pérdidas en señales electroencefalográficas (EEG) se realiza generalmente para reducir el uso de memoria, reducir los tiempos empleados en la transmisión y ahorrar la carga de las baterías que alimentan a los equipos. Sin embargo, la valoración cuantitativa de la calidad de la señal reconstruida es un tema no resuelto. En este trabajo se evalúa la entropía de la señal recuperada, para valorar el impacto de dos métricas de control de la compresión. Para esto se utiliza un algoritmo de compresión con pérdidas para la señal EEG, con dos alternativas de control: mediante Percentage Root mean square Difference y Root Mean Square Error. Primeramente se utiliza un caso de estudio para mostrar el impacto de estas alternativas sobre la entropía de la señal reconstruida. Finalmente se amplía el estudio y se realiza la comparación de las dos alternativas, según la calidad de la señal reconstruida y la relación con la tasa de compresión. Como resultado, se pudo comprobar la ventaja del empleo de la métrica Root Mean Square Error para el control de la compresión con pérdidas.