El enfoque de sistemas en la agricultura es manejar los sistemas agrícolas de producción para entender y solucionar entre otros, los problemas fitosanitarios, ya que los organismos nocivos y benéficos no se limitan a los cultivos, su diversidad y abundancia responden a la funcionalidad de los diseños y manejo de la finca. Tomando en consideración estas premisas y conociendo el impacto del cambio climático en la aparición, resurgimiento y distribución de plagas y enfermedades de plantas, se exponen los resultados alcanzados en la integración de prácticas de manejo de enfermedades en raíces, rizomas y tubérculos tropicales, incorporando el criterio de los agricultores en la generación de las tecnologías. Se ofrecen resultados obtenidos a partir del empleo de prácticas de manejo integrado de enfermedades como: mal seco, pudriciones radicales y enfermedades foliares de yuca, pudriciones del tubérculo y antracnosis del ñame. Se demostró la factibilidad de emplear las alternativas que ofrece una Agricultura Climáticamente Inteligente en el manejo de enfermedades causadas por organismos patógenos habitantes del suelo en la yuca, donde se evidenció una disminución del porcentaje de distribución de la enfermedad a 36,45% como promedio en las entidades evaluadas. Se logró disminuir la incidencia de enfermedades foliares con el manejo de los genotipos y la reducción de la infección provocada por el mal seco, rescatando nuevamente el cultivo de la malanga. Además, se alcanzaron niveles de adopción de las tecnologías de manejo propuestas, que se insertaron en los sistemas agrícolas como parte de su estrategia de defensa fitosanitaria.