En el presente trabajo se obtuvieron dos modelos discriminantes para la actividad antibacteriana. El modelo 1 se obtuvo empleando descriptores TOPS-MODE y de fragmentos, el modelo 2 con descriptores 3D y de fragmentos usando el Análisis Discriminante Lineal. El estudio se realizó con 292 compuestos cuyas actividades estaban reportadas en la literatura. El modelo 1 clasificó el 97,24 y 91,89% de casos activos y el 97,24 y 97,29% de casos inactivos con una clasificación global de 97,24 y 94,59% en las series de entrenamiento y predicción, respectivamente. El modelo 2 clasificó el 98,16 y 100% de casos activos y el 95,41 y 97,29% de casos inactivos con una clasificación global de 96,78 y 98,64% en las series de entrenamiento y predicción, respectivamente. Estos resultados y los valores de los índices estadísticos de los modelos permitieron demostrar sus calidades. Además, fueron calculadas las contribuciones de los fragmentos a la actividad antibacteriana para ambos modelos. El presente enfoque podría permitir un diseño racional de nuevos fármacos antibacterianos.