Problemática: Las enfermedades virales en el ñame (Dioscorea spp.) causan pérdidas significativas en la producción y calidad de los tubérculos, amenazando la soberanía y seguridad alimentaria. En la Colección de Germoplasma del Instituto de Investigaciones de Viandas Tropicales (INIVIT; Cuba), la presencia de enfermedades virales representa un riesgo crítico para la sostenibilidad del cultivo y la distribución de material genético sano; Objetivos: Identificar y caracterizar molecularmente los virus presentes en la Colección de Germoplama del INIVIT; Materiales y métodos: Se recolectaron muestras foliares sintomáticas y asintomáticas de diferentes accesiones de ñame. Además, se extrajo ARN total, y se procedió a la secuenciación de nueva generación (Illumina). Una vez realizado el ensamblaje, se realizaron los siguientes análisis bioinformáticos: alineamiento con secuencias de referencia (NCBI), predicción de ORFs, reconstrucción filogenética y comparación con criterios de demarcación del ICTV. Resultados y discusión: Se identificaron los virus yam mild mosaic virus, yam mosaic virus, Dioscorea virus X y yam virus Y en las muestras analizadas, algunos de ellos en infecciones mixtas. Conclusiones: Se confirma por primera vez en Cuba la presencia de dos potyvirus, un potexvirus y un betaflexivirus en ñame, destacando a YVY como especie no reportada previamente en el país. La alta incidencia de infecciones mixtas exige la implementación de protocolos de diagnóstico molecular en el programa de producción de semillas para el sistema de la agricultura en Cuba.