Executive Secretary
XI International Scientific Conference on Agricultural Development and Sustainability
AGROCENTRO 2025
14th Symposium on Plant Health
Abstract
Problem: Citrus cultivation is of major global economic importance but is severely affected by Huanglongbing (HLB), a disease caused by the bacterium Candidatus Liberibacter spp. For effective disease management, it is crucial to have early detection methods that are accessible and practical for farmers. Objectives: This study focused on identifying target sequences for detecting Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) using isothermal amplification techniques, such as loop-mediated isothermal amplification (LAMP) or recombinase polymerase amplification (RPA), which are ideal due to their simplicity and low cost. Methods: The methodology involved an in-silico analysis of the CLas psy62 strain genome, using the Citrusgreening.org platform and the RepeatScout tool to locate unique repetitive elements, which are ideal targets for increasing detection sensitivity. The candidate sequences were subsequently analyzed with BLASTn and BLASTx tools to evaluate their specificity and ensure no significant homology with genomes of other microorganisms. Finally, multiple alignments were performed using BioEdit and Mauve to confirm their conservation across different CLas isolates. Results: The analysis confirmed that the three target sequences are exclusive to the CLas genome, showing no significant homology with the genomes of other microorganisms or that of citrus plants. Furthermore, it was demonstrated that these sequences are highly conserved across various isolates of the bacteria. Conclusions: These sequences represent promising candidates for the subsequent development of rapid and effective molecular assays, which would facilitate the early diagnosis of HLB in the field.
Resumen
Problemática: El cultivo de cítricos tiene una gran importancia económica mundial, pero se ve severamente afectado por Huanglongbing (HLB), una enfermedad causada por la bacteria Candidatus Liberibacter spp. Para un manejo eficaz de la enfermedad, es crucial contar con métodos de detección temprana que sean accesibles y prácticos para los agricultores. Objetivo: Este estudio se enfocó en la identificación de secuencias diana para detectar Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) mediante técnicas de amplificación isotérmica, como LAMP (del inglés: loop-mediated isothermal amplification) o RPA (del inglés: recombinase polymerase amplification), ideales por su simplicidad y bajo costo. Métodos: La metodología consistió en un análisis in silico del genoma de la cepa psy62 de CLas, utilizando la plataforma Citrusgreening.org y la herramienta RepeatScout para localizar elementos repetitivos únicos, los cuales son blancos ideales para aumentar la sensibilidad de la detección. Las secuencias candidatas se analizaron posteriormente con las herramientas BLASTn y BLASTx para evaluar su especificidad y asegurar que no presentaran homología significativa con genomas de otros microorganismos. Finalmente, se realizaron alineamientos múltiples con BioEdit y Mauve para confirmar su conservación en diferentes aislados de CLas. Resultados: El análisis confirmó que las tres secuencias diana son exclusivas del genoma de CLas, sin mostrar homología significativa con el genoma de otros microorganismos ni con el de plantas de cítricos. Además, se demostró que estas secuencias están altamente conservadas en diversos aislados de la bacteria. Conclusiones: Estas secuencias son candidatos prometedores para el desarrollo posterior de ensayos moleculares rápidos y eficaces, lo que facilitaría el diagnóstico temprano de HLB en campo.
About The Speaker
Sandra Pérez Pelaez
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