VIII International Symposium on Chemistry and Pharmaceutical Sciences

SICF

VIII Symposium "Design, Obtaining and Development of Drugs"

Characterization by LC-MS/MS of SOBERANA®02

Abstract

SOBERANA®02 is an effective conjugate vaccine against COVID-19 based on the chemical conjugation of the Receptor Binding Domain (RBD) of the virus SARS-CoV-2 and the inactivated tetanus toxoid preparation. This conjugate was digested in tandem with LEP and trypsin using the MED-FASP digestion protocol. Half of the peptide mixture was directly analyzed by LC-MS/MS and the other half was purified by using Ni-NTA affinity chromatography before LC-MS/MS analysis, and the resultant eluate was enriched in type 2 peptides containing the C-terminal peptide of the RBD (⁵³⁸CNVF⁵⁴¹-HHHHHH) cross-linked to several internal lysine residues in tryptic peptides derived mainly from the neurotoxin of C. tetanis. The RBD of SARS-CoV-2 as well as 385 proteins of the tetanus toxoid were coincidently identified with an FDR ≥ 1 % by three softwares: MASCOT, Peaks and Maxquant. Among the proteins derived from C. tetanis, the inactivated neurotoxin was the most abundant protein representing 30-60 % of the total proteins according the results provided by the 3-top, TPA and iBAQ protein abundance estimation methods. Fifteen conjugation sites between the neurotoxin and the recombinant RBD of SARS-CoV-2 were assigned based on the MS/MS spectra.

Resumen

SOBERANA®02 es una vacuna conjugada eficaz contra el COVID-19 basada en la conjugación química del Receptor Binding Domain (RBD) del virus SARS-CoV-2 y el preparado de toxoide tetánico inactivado. El conjugado se digirió junto con LEP y tripsina usando el protocolo de digestión MED-FASP. La mitad de la mezcla de péptidos se analizó directamente mediante LC-MS/MS y la otra se purificó mediante cromatografía de afinidad Ni-NTA antes del análisis LC-MS/MS, y el eluato resultante se enriqueció en péptidos de tipo 2 que contenían el extremo C-terminal del péptido del RBD (⁵³⁸CNVF⁵⁴¹-HHHHHH) conjugado a residuos de lisina en péptidos trípticos derivados principalmente de la neurotoxina de C. tetanis. El RBD del SARS-CoV-2, así como 385 proteínas del toxoide tetánico, se identificaron coincidentemente con un FDR ≥ 1 % mediante tres softwares: MASCOT, Peaks y Maxquant. Entre las proteínas derivadas de C. tetanis, la neurotoxina inactivada fue la proteína más abundante representando el 30-60 % del total de proteínas según los resultados proporcionados por los métodos de estimación de abundancia de proteínas 3-top, TPA e iBAQ. Se asignaron quince sitios de conjugación entre la neurotoxina y el RBD recombinante del SARS-CoV-2 según los espectros de MS/MS.